Журнал ранее издавался Издательством "Наука".
В настоящее время издается другими издательствами.
Основан в 1916 г. «Ботанический журнал» публикует статьи по следующим тематикам: анатомия и морфология растений, проблемы эволюции растительного мира, систематика и таксономия видов растений и растительных сообществ, динамика растительности в естественных и антропогенных условиях. Журнал является рецензируемым, включен в Перечень ВАК для опубликования работ соискателей ученых степеней. С 2008 г. входит в систему РИНЦ.
Правила для авторов «Ботанического журнала» можно скачать здесь.